מושב תומר הוקם כישוב אזרחי, באוגוסט 1976. הישוב השלישי מבין יישובי תנועת המושבים בבקעת הירדן. גרעין המתיישבים הראשון שמנה 17 משפחות החל את דרכו במחנה מעלה אפרים, שם התנהל כ"מושבוץ" עד המעבר לישוב הקבע בשנת 1978 - כאן החל את דרכו כמושב עובדים.
איזכור מקום בשם "תומר" מופיע בספר האגדה (של ח.נ.ביאליק וי"ח רבניצקי מ 1903) כיישוב באיזור יריחו, בו גדלו תמרים.

כבר בעת התארגנות הישוב במושבוץ עיבדו המתיישבים שטחים חקלאיים בבקעה. הגידולים בתקופת ההקמה היו משותפים . במהלך השנים התפתח המושב הן חקלאית וחברתית.
לאורך כל השנים התבלט מושב תומר בפעילויותיו החברתיות ובקליטה מוצלחת של בנים חוזרים. במושב מתקיימות בדרך קבע פעילויות חברתיות מגוונות לכל הגילאים התורמות לגיבוש הקהילה ולהרגשת שייכות של כל חבריה- טקסים ומסיבות בחגים, ציון ימי זיכרון, פעילות שוטפת של הילדים והנוער בשיתוף עם צוותי הדרכה ואירועים נוספים.
כיום מתגוררות במושב 80 משפחות, מתוכן כ -25 משפחות של בנים חוזרים השמחים לחזור אל השורשים ולהקים במושב משפחות צעירות.
חברי המושב מתפרנסים מחקלאות, ממקצועות חופשיים ומיוזמות עסקיות פרטיות בבקעת הירדן או מחוצה לה- חינוך בגנים ברחבי הבקעה, הוראה בבתי הספר בבקעה, שיווק, הנה"ח, אמנות, ביטוח, מסעדנות, פקידות, עבודות ציבור ועוד.

היקף שטחי הקרקע המעובדים על- ידי תושבי תומר הוא כ-4,000 דונם . הקרקעות החקלאיות אינן צמודות לבתי המגורים אלא נמצאות בסמוך לישוב. הגידולים החקלאיים הבולטים הם תמרים, ענבים, עגבניות שרי ופלפלים. כמו כן למושב יש מטע תמרים משותף בהיקף של כ- 1,000 דונם ובית אריזה לתמרים המעניק שירותים הן למטע של המושב והן ללקוחות חיצוניים.

במושב שירותים מגוונים לרווחת התושבים- מזכירות, צרכניה, מועדון תרבות, מועדון ילדים ומועדון נוער, בית כנסת, מרפאה, גן ילדים, פעוטון, מקלט מרכזי, גן שעשועים, מגרש כדורסל, דלקיה, בריכת שחיה הפעילה בחודשי הקיץ ומגרש כדורגל (המשמש כמגרש הבית של קבוצת "הפועל בקעת הירדן"). המושב הוא בעל אופי חילוני, אך קיימת זיקה למסורת, לחגיגת חגים משותפים יחד ותפילות חג משותפות בבית הכנסת.