הקיבוץ הוקם ע"י גרעיני נח"ל בשנת 1974 מתוך חזון של קיבוץ חלוצי, ובו חיי חברה ותרבות עשירים באיכות חיים גבוהה.
הקמת קלי"ה בנוסף, משמשת סמל לחידוש הישוב היהודי שהיה קיים בתקופת בית שני.
כיום מונה הקיבוץ כ-330 תושבים. הכוללים חברים,ילדים, ותושבים.
הקיבוץ הוקם כישוב חקלאי הכולל: מטע תמרים מהגדולים בארץ, רפת לחליבה, לול תרנגולי הודו, כרם ענבים וגידולי שדה בשטחים פתוחים ובחממות.
עם השנים יזם הקיבוץ התפתחות נרחבת של ענפי תיירות מגוונים. ביניהם; חוף קלי"ה, אתר הקומראן וכפר הנופש קלי"ה.

הקיבוץ בתחום מועצה אזורית מגילות וממנה מקבל את כלל השירותים המוניציפאליים.
בקיבוץ מערכת שירותים רחבה הכוללת חדר אוכל, מרפאה, מוסדות חינוך מלאים, ביה"ס יסודי אזורי, בריכה, מכבסה, כלבו, אולם ספורט, חדר כושר אזורי ועוד..

במסגרת הרחבת הישוב יסדה קלי"ה שכונה קהילתית בסמוך לקיבוץ, המאפשרת לרכוש או לבנות בית פרטי למעוניינים להשתקע באזור.
בנופי קלי"ה מתגוררות כיום מספר משפחות.