הישוב גבעון החדשה קרוי על שם שתי ערים עתיקות שהיו בקרבתו: "גבעון", המוכרת היטב מן התנ"ך, החל מימי יהושע, דרך מלכות דוד ועד לאזכור אנשי גבעון הבונים את חומות ירושלים בימי נחמיה; ו"חדשה", המוזכרת ב"קדמוניות היהודים", בתיאור הקרב שבו ניצח יהודה המכבי את ניקנור.
בקיץ תשל"ט (1979 הוחל בהכשרת הקרקע להתיישבות, ובקיץ תשמ"א (1981) עלו תשע משפחות ראשונות והתיישבו בקראוונים שהובאו למקום.
הישוב גאל בתחילתו משבצת של 184 דונם, שהייתה שייכת לעמותת נחלת ישראל רמה. אין לישוב עתודות קרקע נוספות מעבר למשבצת זו.
ועדת השמות הממשלתית לא אישרה את השם "חדשה" בשל חוסר ודאות בזיהוי מקומו המדוייק של הקרב נגד ניקנור. לאחר חמש שנים של דין ודברים, אישרה הועדה את השם "גבעון החדשה". כיום מונה הישוב כ – 300 משפחות, רובן צעירות, שכן על פי תקנון הישוב, מוגבלת הקליטה לאנשים עד גיל 40. רוב תושבי המקום הם חילוניים, אך יש בו משפחות דתיות, ובמקום קיים בית כנסת פעיל.
בעשור האחרון התקבלו לישוב 35 משפחות עולות מחבר העמים. פרוייקט זה התאפשר הודות לסיוע ניכר מצד הסוכנות היהודית.
סמל הישוב כולל בתוכו את השמש, לזכר הקרב של יהושע בן – נון "שמש בגבעון דום וירח בעמק איילון".