קרית נטפים הוקמה בשנת 1984 על ידי גרעין משפחות בני העדה התימנית, איגוד המושבים של הפועל המזרחי. השיקול למיקום הישוב הוא חוליה נוספת בשרשרת הישובים לאורך כביש חוצה שומרון ומרכז השומרון, קשר נוח אל איזור ראש העין ופתח תקוה.

ביישוב שלושה בתי כנסת ומקווה, מגרש כדור- סל, ספריה, מועדון תרבות, גנים ציבוריים ומרפאה.